Конгрегационалистская церковь выросла из движения пуритан, возникшего с распространением Реформации. На Британских островах образовались две пуританские секты: конгрегационалисты и пресвитериане. Конгрегационалистские группы создавались в основном в Англии, пресвитерианские - в Шотландии и Северной Англии. После основания Плимутской колонии (1620) тысячи их приверженцев отправились в Новую Англию.
В своих церквах поселенцы ориентировались на организационные формы и дух первоначального христианства. Группы верующих в каждом из поселений объединялись "по договору" в общину для богослужения и изучения слова Божьего. Расхождения в интерпретации Библии приводили к некоторым незначительным различиям в организации церквей. По инициативе трех лидеров колониального конгрегационализма - Джона Коттона из Бостона, Томаса Хукера из Хартфорда и Джона Давенпорта из Нью-Хейвена - представители этих церквей собрались на совет в Кеймбридже (колония Массачусетс) в 1646; в дальнейшем эти встречи проводились ежегодно в течение трех лет, чтобы "подвергнуть дискуссии, обсудить и прояснить с опорой на слово Божье" проблемы церковного управления и дисциплины. Результаты данного столь продолжительного совещания сведены в известной Платформе церковной дисциплины, где изложены основы организации церковной жизни конгрегационалистов в Америке.
На протяжении 20 в. конгрегационалисты дважды сливались с родственными вероисповедными группами. В 1931 конгрегационалистские церкви объединились с Христианскими церквями - подобным же образом организованными в революционные времена религиозными объединениями, сформировав Конгрегационалистскую христианскую деноминацию. В июне 1957 Конгрегационалистские христианские церкви и Евангелическая реформатская церковь слились в Объединенную церковь Христа в Америке, которая к концу 1990-х годов насчитывала более 1,8 млн. членов.
В этом союзе конгрегационалистские общины существуют в традиционной для них форме - как автономные местные церкви, а Евангелическая реформатская церковь продолжает содержать в бывших структурах свои больницы, школы, сиротские приюты; готовит собственных священников, поддерживает церковные сестричества и осуществляет надзор за колледжами и семинариями.