К статье ПОРТУГАЛИЯ: ИСТОРИЯ
Филипп II, признанный в Португалии королем Филиппом I (1580-1598), пообещал, что португальские национальные институты будут сохранены. Он присутствовал на заседаниях португальских кортесов, и во всех высших государственных учреждениях было принято пользоваться родным языком. Однако объединение двух государств лишило Португалию собственной внешней политики, и враги Испании стали врагами Португалии. Из-за войны Испании с Голландией и Англией пришлось закрыть порт Лиссабон для бывших торговых партнеров Португалии. Затем голландцы совершили нападения на португальские поселения в Бразилии, а также в Африке и Азии.
Во время правления сына Филиппа, Филиппа III (1598-1621), Испания заключила перемирие с голландцами. Голландские и английские купцы снова зачастили в Лиссабон, расширилась торговля и с Бразилией, но в результате пострадала португальская автономия. Во время правления Филиппа IV (1621-1640) его фаворит граф-герцог Оливарес возобновил войну с голландцами, которые напали на Баию в 1624, а в 1630 оккупировали Пернамбуку (Ресифи) и соседние с ним плантации. Между тем португальские владения в Азии были утрачены из-за вторжения голландцев и англичан. Португальцы теперь не желали иметь дела с Оливаресом, который пытался разрушить их независимые институты и навязать новые налоги, чтобы усилить испанское влияние в Португалии и использовать ее ресурсы в войне с Францией. В 1640, после того как Каталония восстала и обратилась за помощью к Франции, в Португалии вспыхнуло всеобщее восстание. Испанцы были изгнаны почти без кровопролития, и герцог Жуан Брагансский был провозглашен королем Португалии под именем Жуана IV (1640-1656).