К статье МОНГОЛИЯ: ИСТОРИЯ МОНГОЛИИ
Смерть Угэдея открыла период междуцарствия, длившегося почти пять лет, в течение которых в качестве регента выступала мэркитская ханша Туракина, его вдова и мать его сына Гуюка. В это же время монгольские армии разгромили на северо-западе Ирана правителя сельджукского Конийского султаната, раздвинув таким образом границы империи до Средиземного моря.
На собравшемся недалеко от Каракорума в 1246 курултае Великим ханом наконец-то был избран Гуюк (годы правления 1246-1248). На этом курултае присутствовал францисканский монах Плано Карпини, доставивший к монгольскому двору письма папы Иннокентия IV. Гуюк грубо отверг протест папы против опустошения Польши и Венгрии и предложил папе вместе со всеми коронованными особами Европы лично предстать перед ним и принести ему клятву верности.
Проживи Гуюк дольше, ему было бы не миновать гражданской войны со своим двоюродным братом - Батыем. Гуюк служил под началом Батыя во время похода на Русь, но поссорился с ним и ушел в Монголию еще до вторжения в Центральную Европу. В начале 1248 Гуюк выступил из Каракорума, очевидно, намереваясь напасть на Батыя, но в дороге умер.
После смерти Гуюка, как и после кончины его отца, начался долгий период междуцарствия. Правительницей-регентшей империи стала вдова Огуль-Гамиш. Батый, старший из монгольских ханов, созвал курултай для выбора преемника Гуюка. Курултай избрал Мункэ (годы правления 1251-1259), внука Чингисхана, сына Толуя, завоевателя Мерва и Нишапура. Из-за противодействия сыновей Гуюка и их сторонников церемония вступления Великого хана на престол состоялась только в 1251. Тогда же был раскрыт заговор против вновь избранного Великого хана, и заговорщики были изгнаны или казнены. Среди казненных была и бывшая регентша. Внук Угэдея Хайду бежал в Центральную Азию, где всю свою долгую жизнь оставался злейшим врагом великих ханов. Так среди потомков Чингисхана произошел первый из расколов, которые в конце концов привели к гибели Монгольской империи.
Впервые после смерти Угэдея монголы могли думать о новых завоеваниях. В 1253 Хубилай, брат Великого хана, вторгся во владения династии Сун в Южном Китае, а другой его брат, Хулагу, отправился в поход на запад, закончившийся разграблением Багдада. Осенью 1258 Мункэ сам возглавил поход против Сунской империи, во время которого умер в августе 1259, руководя осадой одного из городов.
Смерть Мункэ означала фактический конец единой Монгольской империи. Его брат Хубилай и преемник Хубилая Тэмур еще носили титул Великого хана, но Империя уже начала распадаться на отдельные государства.