Украинская форма на -енко означала потомка (аналогично русскому слову типа гусенок, ребенок). Церковное имя Иоаким на почве русского языка превратилось в Аким, а в зависимости от диалектного произношения — “екающего” или “якающего” — в Еким или Яким.
Значение слова ЯКИМЕНКО в Словаре русских фамилий
Что такое ЯКИМЕНКО
Словарь русских фамилий. 2012