К статье ШОТЛАНДИЯ: ИСТОРИЯ
Реформаторы находились у власти в 1560, но в августе 1561 королева Мария, потерявшая своего супруга Франциска в декабре 1560, вернулась в Шотландию. Будучи католичкой, она вначале не испытывала вражды к реформированной церкви. Однако Мария не могла быть главой новой церкви, руководство которой находилось главным образом в руках управляющих, или новых епископов, а верховная власть принадлежала Генеральной ассамблее, которая практически представляла собой протестантский парламент. Мария заявила, что имеет больше прав на английский трон, чем Елизавета, и после заключения брака со своим кузеном, лордом Дарнли, который следовал за ней в правах наследования английского престола и притязания которого признавали английские католики, реформированная церковь перестала пользоваться ее расположением. После убийства Дарнли Мария вышла замуж за графа Ботвелла, которого считали убийцей ее второго мужа. Вспыхнуло восстание, и Мария была смещена. Корона перешла к ее несовершеннолетнему сыну Якову VI. Мария бежала в Англию в 1568 под защиту Елизаветы. Она находилась в заключении до тех пор, пока английская королева не распорядилась о ее казни в 1587.