К статье МУСУЛЬМАНЕ: ИСЛАМ ПОСЛЕ МОНГОЛЬСКОГО НАШЕСТВИЯ
В большинстве стран Черной Африки к югу от Сахары ислам также распространялся вдоль торговых путей - по океанским маршрутам, которые вели на восточное побережье, где в 13 в. были основаны мусульманские торговые города-форпосты, и по караванным тропам, которые вели в Восточный и Центральный Судан, пояс саванн между Сахарой и тропическими дождевыми лесами. Африканские царства меняли рабов, золото и слоновую кость на соль, ткани и металлические изделия из Северной Африки. В 11 в. правители начали принимать ислам, чтобы упростить отношения с мусульманскими купцами. Распространение ислама в Африке было ускорено нападением Альморавидов, которые в 1076 захватили столицу империи Гана и оставались там несколько лет. Таким образом, ислам в этом регионе распространялся преимущественно из Северной Африки.
Обращение в ислам правящих домов составило новую базу для экспансии, особенно из Западного Судана (совр. Мавритания, Мали, Сенегал) на восток. В больших городах на караванных путях, таких, как Валата, Тимбукту и Гао, складывались крупные мусульманские общины, открывались исламские школы права и теологии.
В Восточном Судане (совр. Судан) ислам продвигался из Египта вверх по долине Нила. Однако на протяжении шести столетий продвижению ислама на юг препятствовали христианские царства Нубия, Мукурра и Альва. В результате распада этих царств в 14-15 вв. их население было исламизировано. Препятствие было устранено, и это позволило исламу распространиться среди африканских язычников на западе и юге.
Таким образом, на восточном побережье Африки и в Западном Судане ислам сыграл цивилизаторскую роль. В Восточном Судане он вытеснил предшествовавшую ему африканскую христианскую цивилизацию.
С открытием португальцами морского пути вокруг Африки конечные пункты торговли рабами, слоновой костью и золотом переместились из Центральной Африки на западное побережье. На восточном побережье португальцы уничтожили мусульманские города-государства, стремясь монополизировать торговлю через Индийский океан.
Однако торговые и культурные связи с исламским миром сохранились. Арабский язык по-прежнему использовался в качестве языка письменности, сохранились исламские религиозные братства, мусульманские писцы и законоведы. Ислам не процветал в этих регионах, но продолжал укреплять свои позиции.
В 19 в. среди мусульман в Африке возникло несколько новых движений, среди них - движение "одержимого муллы" Мухаммеда Ибн Абдуллы Хасана на восточном побережье; махдистское движение в Восточном Судане; и движение джихад Фулани в Центральном Судане. Различаясь в деталях, каждое из них претендовало на возрождение и реформирование ислама, пыталось искоренить в своем ареале языческие обряды и основать надплеменное единое государство; каждое смотрело на джихад как на орудие для достижения своих целей.