К статье МУСУЛЬМАНЕ: ИСЛАМ ПОСЛЕ МОНГОЛЬСКОГО НАШЕСТВИЯ
Завоевание западного побережья Индии мусульманами позволило им воспользоваться морскими путями между Индией и Дальним Востоком. К 1100 купцы-мусульмане основали торговые фактории в районе проливов между Малайей и Индонезией для торговли пряностями. Тем же путем сюда много раньше проник индуизм, распространившийся среди населявших этот регион народов. В 1290 Марко Поло нашел на северной оконечности о.Суматры в Пасе маленькое мусульманское княжество. В 1345 марокканский путешественник Ибн Баттута обнаружил, что оно превратилось в процветающий султанат, который вел торговлю и войны, а к 1550 мусульманской стала почти вся Суматра.
Экспансия ислама на о.Ява натолкнулась на организованное сопротивление индусских государств. Однако ислам пришел сюда из Индии и уже имел определенный опыт контактов с представителями индуизма. Соответственно, сторонники традиционного ислама в Индонезии отдавали предпочтение суфизму, не замыкались в себе и приспосабливались к местным духовно-культурным условиям.
В начале 16 в. на Яве образовался ряд мусульманских государств, завоевавших независимость от индийского царства Маджапахит.
Вокруг портов, через которые на островах велась торговля пряностями, росли небольшие торговые государства, в которых правили мусульманские правители. Около 1520 было обращено в ислам Северо-Западное Борнео, и оттуда ислам распространился в Южные Филиппины. Принимая ислам, эти области сохраняли свои культурные традиции. Особенно это касается Индонезии, наиболее многочисленной по населению мусульманской страны региона.
В конце 16 и начале 17 в. потеснившие португальцев голландцы захватили господство над Индонезией. Европейское колониальное управление ускорило процесс исламизации, отчасти из-за того, что наиболее стойкое сопротивление колонизаторам организовывали именно мусульмане.
В 18 в. благодаря контактам с Меккой и арабским исламом в Индонезию проникли реформаторские суннитские движения. Для современного индонезийского ислама характерны трения между последователями местной мусульманской традиции и более поздним фундаменталистским направлением в исламе.