К статье МАКЕДОНИЯ: ИСТОРИЯ
В результате османской оккупации Македонии часть христианского населения была уничтожена. Многие феодалы бежали на запад и север, часть из них пошла на компромисс с османской властью, а некоторые приняли ислам. Число турок и мусульман в Македонии, по всей вероятности, было незначительным до 15-16 вв., когда турки-кочевники из Анатолии, называвшиеся юрюками, были переселены османским правительством в сельские районы области. Вторая волна исламизации прекратилась во второй половине 17 в., во время и после Кандийской (венециано-турецкой) войны (1645-1669) и войны Священной лиги (1683-1699). Обращение в ислам происходило в то время в нескольких районах. В восточной Македонии и Болгарии обращенным в ислам в этот период дали название помаков (помощников), так как они служили в Османской империи в местных полицейских силах либо во вспомогательных войсках. В 19 в. османское правительство поселило в ряде мест Македонии мусульман-черкесов. Кроме того, после освобождения Сербии, Боснии и Герцеговины и Болгарии от турецкого гнета многие мусульманские эмигранты покинули эти территории и поселились в Македонии.
В 1560-х годах, в последние годы правления Сулеймана Великолепного, в Македонии началось восстание против османского ига. Еще более значительные по масштабам восстания вспыхивали во время австро-турецких войн (1593-1606, 1683-1699).
В 1689 армии Габсбургов заняли Скопье. В округах Кратово и Злетово на северо-востоке Македонии откупщики традиционно использовали принудительный труд для разработки месторождений природных ископаемых; крестьяне, чтобы избежать такой работы, уходили в горы. Когда армии Габсбургов пришли в этот район, один из рудокопов, Карпош, возглавил восстание против турок (1689). В 1690, после ухода австрийцев, восстание было подавлено турками, Карпош убит, а многие македонцы проданы в рабство. Другая часть македонцев бежала в Воеводину, находившуюся под австрийским правлением.
Рост мятежей был связан отчасти с распространением во второй половине 16 в. системы "чифтлик" (турецк. "парная упряжка волов"). Эта система характеризовалась появлением класса новых землевладельцев, которым крестьяне были вынуждены отдавать часть своей продукции. Когда в 16 в. выросли города и возник обширный рынок сельскохозяйственной продукции, многие землевладельцы и солдаты стремились расширить свои земельные владения. В периоды хаоса они прибегали к насилию, чтобы достигнуть своих целей. Когда во второй половине 17 в. городская экономика Османской империи начала испытывать кризис, зажиточные османские ремесленники и купцы стремились приобрести земельную собственность.
Однако по мере упадка городской экономики землевладельцы чифтлик и другие владельцы собственности столкнулись с проблемой рынка для своих товаров. Стало очевидно, что внутренний рынок не в состоянии поглотить большие излишки сельскохозяйственных продуктов. Однако рост населения и промышленности в Западной Европе в 18 в. увеличил спрос на зерновые культуры, хлопок и другое сырье и сельскохозяйственные продукты. Таким образом, землевладельцы чифтлик изначально не помогали развиваться классу сельских торговцев на Балканах, ибо их продукция шла в Западную, Центральную и Северную Европу. Одним из основных районов Балкан, в котором возник класс торговцев, стала Македония. Этими торговцами в основном были греки и влахи, но также и славяне.
Состоятельные купцы из Македонии часто становились могущественными губернаторами (например, Али Паша из Янины) или влиятельными местными аристократами (Исмаил Бей из Сере). Однако некоторые купцы проявляли большие симпатии к идеям французской революции и к движению за независимость, которым руководил Карагеоргий Птрович из Сербии; фактически многие македонские влахи являлись активными сторонниками сербского движения за независимость. В 1807 и 1808 в Македонии и соседних районах произошло несколько восстаний, руководимых лидерами партизан, которые хотели объединиться с войсками Карагеоргия. Подобную же симпатию они проявляли к борьбе за независимость Греции в 1821.