высечь, выпороть, наказать розгами или ремнем. Выражение по происхождению собственно русское, употребляется с XVIII века. Ижица - старинное название последней буквы церковнославянской азбуки; по форме эта буква отчасти напоминает пучок розог или плетку. Наряду с "фитой" и "ятем" "ижица" была символом трудного письма и обучения грамоте на Руси. Русские пословицы связывают "ижицу" с телесными наказаниями: Фита и ижица, к ленивому плетка движется; ижица - плетка ближится. Возможно, выражение прописать ижицу восходит к прописная ижица (буква, написанная красной краской). При старательной порке на теле действительно возникает что-то вроде прописной "ижицы".
Значение ПРОПИСАТЬ ИЖИЦУ (УСТАР. ШУТЛ.) в Справочнике по фразеологии
Что такое ПРОПИСАТЬ ИЖИЦУ (УСТАР. ШУТЛ.)
Справочник по фразеологии. 2012