К статье УГАНДА: ИСТОРИЯ
В переходный период планировалось возродить экономику и подготовить выборы для возвращения Уганды к гражданской форме правления. Однако обстановка в стране не стабилизировалась, и за 20 месяцев сменились три временных правительства, возглавлявшиеся последовательно Юсуфом Луле, Годфри Бинаисой и Пауло Лувангой. Выборы 1980 выиграла Демократическая партия, но во время подсчета голосов, вопреки закону о выборах, Муванга стал утверждать, что только ему принадлежит право определить победителя. Было заявлено, что большинство мест в парламенте завоевали кандидаты от НКУ, и лидер партии М.Оботе вновь занял пост премьер-министра.
Йовери Мусевени, который для участия в выборах сформировал собственную политическую организацию Патриотическое движение Уганды, отказался признать результаты выборов и в 1981 создал партизанскую Армию национального сопротивления, которая развернула вооруженную борьбу против режима Оботе. После четырех лет ожесточенной войны правительственные войска в лице Национально-освободительной армии Уганды в 1985 отстранили от власти Оботе и поставили во главе страны генерала Тито Окелло. Спустя семь месяцев новый режим был свергнут силами Армии национального сопротивления.
Правительство Движения национального сопротивления В 1986 президентом страны стал Йовери Мусевени, председатель Движения национального сопротивления. Руководители Движения подчеркивали, что в отличие от прежних партий, созданных на религиозной и этнической основе, их организация открыта для всех угандийцев. В первое правительство Мусевени входили представители всех политических партий. В 1986 по указанию главы государства во всех деревнях были созданы советы сопротивления (ныне местные советы). В своем первом официальном выступлении Мусевени пообещал, что его правительство будет находиться у власти в течение четырехлетнего переходного периода, пока не будет разработана новая конституция и не пройдут выборы. В 1989 поставленные цели были еще далеки от реализации, и Мусевени добился продления переходного периода до 1995.
В 1993 решением правительства традиционным государственным образованиям было предоставлено право восстановить институт вождей с оговоркой, что они не будут заниматься политикой. Несмотря на то, что к этому времени территория бывших государств была разделена на районы, население Буганды, Торо, Буньоро и Бусоги быстро избрало себе правителей. Исключение составил Анколе. В 1989 состоялись парламентские выборы. Они проводились не на партийной основе, однако в открытом голосовании имели право участвовать не все граждане. В парламентских и президентских выборах 1996 участвовало все население страны. Голосование было тайным, но и на этот раз было запрещено выставлять кандидатов от политических партий. На таких же условиях в 1994 проводились выборы в палату представителей. В 1996 на первый президентский срок был избран Мусевени, который, получил поддержку более 70% избирателей.
Мусевени сосредоточил в своих руках всю полноту исполнительной власти. Тем не менее он добился того, чтобы правительство строго придерживалось макроэкономической стратегии, рекомендованной Всемирным банком. Его усилиями были реорганизованы вооруженные силы страны, которые теперь находились в подчинении (во всяком случае на протяжении 1998) у гражданского правительства. Мусевени выступал за проведение честных и открытых выборов, но не на партийной основе, ратовал за увеличение представительства женщин и молодежи в органах власти. Президент официально пригласил вернуться в Уганду всех индийцев, пообещав передать им собственность, конфискованную в годы правления Амина.
Активный внешнеполитический курс правительства Мусевени привел к напряженности в отношениях с соседними странами. Ожесточенная гражданская война в конце 1980-х - начале 1990-х годов опустошила восточные и северные районы страны. Казалось, что с войнами уже покончено, но в 1994 на севере снова вспыхнули военные действия, которые продолжились в 1999. Некоторое время в конце 1980-х годов отношения между Угандой и Кенией были крайне враждебными. В конце 1996 в западных областях вспыхнула междоусобная война, которая продолжалась в 1999. Каждая из этих войн возникала не без участия соседних стран, которые обвиняли Мусевени в агрессивных действиях и поддержке своих противников.
Избранный в 1996 законодательный орган занял весьма активную позицию. Парламентарии выдвинули ряд инициатив, направленных на прекращение войны на севере страны и борьбу с коррупцией. Парламент одобрил также крайне важный, но противоречивый закон о земле, который гарантировал крестьянам и крупным землевладельцам право частной собственности на землю.