К статье МУСУЛЬМАНЕ: ИСЛАМ ПОСЛЕ МОНГОЛЬСКОГО НАШЕСТВИЯ
В этот период начала исчезать терпимость по отношению к местным христианам. Первые монгольские ханы им благоволили, вернувшиеся к власти мусульмане стали им мстить. Наибольшего накала ситуация достигла при Тамерлане, который фактически истребил несториан в Средней Азии и последовательно проводил специальную политику истребления христиан во время всех своих завоевательных походов. В Египте и Сирии мамлюки преследовали местных христиан, опасаясь их возможных связей с крестоносцами и монголами, а в Испании и Северной Африке бурные события христианско-мусульманского конфликта привели к вспышкам фанатизма с обеих сторон.
Тамерлан (ок. 1336-1405) (от Тимур Ленк, "Хромой Тимур"), выдающийся полководец и политический деятель 14 в., был выходцем из знатной тюркской семьи из Мавераннахра, которому удалось захватить власть в провинции после ослабления господства монголов (ок. 1370). На пути к власти он создал образ правителя - защитника иранизированного оседлого населения и улемов Мавераннахра, а его военные кампании против монголов и других правителей имели целью предотвратить любую угрозу Мавераннахру ценой опустошения соседних мусульманских стран.
Тамерлан объявлял себя суннитом, когда имел дело с шиитами, и шиитом, когда имел дело с суннитами. Список городов, которые он разграбил и сжег, зачастую истребляя все население, включает мусульманские культурные центры Персии, Средней Азии, Индии, Анатолии, Ирака и Сирии. Захваченные богатства и лучшие мастера свозились в Мавераннахр, особенно Тамерлан заботился о своей столице - Самарканде.