К статье ИНДОНЕЗИЯ: ИСТОРИЯ
Хотя мусульманские купцы столетиями вели торговлю на архипелаге, ислам стал утверждаться среди обитателей Индонезии лишь в 13 в. К концу этого столетия новая религия была принята правящей элитой государства Ачех на северной оконечности Суматры, а в начале 15 в. также и малайским правителем Малакки (Мелаки). Вскоре Малакка превратилась в центр ислама.
В 14 и 15 вв. ислам распространяется на территорию Явы. Хотя в 1580-х годах при индуистско-буддийском дворе империи Маджапахит (восточная часть острова) были обратившиеся в мусульманство аристократы, оно стало наиболее массовой религией среди жителей северного побережья Явы, активно занимавшихся торговлей. Связанные с Малаккой яванские купцы-мусульмане доминировали в торговле, которая велась в области восточнее Явы, достигая Молуккских островов и даже южных островов Филиппинского архипелага. Благодаря им ислам продвинулся еще дальше на восток.
Система международной торговли сыграла важную роль в распространении ислама в Юго-Восточной Азии. К 14-15 вв. почти вся эта система, от Средиземноморья до Индии, находилась в руках мусульман. Впрочем, проникшее на острова мусульманство значительно отличалось от строгой и непреклонной веры его первых арабских последователей. При своем продвижении из Аравии на восток, через Персию и Индию, первоначальное учение пророка Мухаммеда постепенно насыщалось верованиями этих древних земель, и впоследствии именно в Юго-Восточной Азии стал преобладать т.н. "мифический ислам". На Яве эта форма ислама дополнилась индуистскими и буддийскими идеями, а также культом предков. Специальные выражения, использовавшиеся при отправлении обрядов в честь бога Шивы, применялись теперь при поклонении Аллаху. Ява была одной из тех немногих мусульманских территорий, где даже архитектура мечетей оказалась по-своему уникальной: характерные для индуистских храмов многоярусные крыши и дверные проемы делали эти постройки мало похожими на культовые сооружения Среднего Востока с их изящными арками и луковичными куполами.
Примерно к 1500 ислам приняла большая часть королевств архипелага. Великая яванская империя Маджапахит пала под натиском султаната Демак (с центром в одноименном торговом порту на северном побережье острова), чьи мусульманские правители вопреки своей религиозной принадлежности утверждали, что ведут происхождение от прежних индуистско-буддийских королей. Наступлению ислама не поддался лишь остров Бали. Самая обширная в то время в мире территориальная система международных торговых связей, простиравшаяся от Средиземного моря до Молуккских островов, оказалась под контролем мусульман.