Фамилия связана с древним русским словом шалепуга , в Сл. Даля — “кнут, длинная палка”. Такое прозвище мог получить человек из-за своей худобы и высокого роста.
Значение слова ШЕЛЕПУГИН в Словаре русских фамилий
Что такое ШЕЛЕПУГИН
Словарь русских фамилий. 2012