Исходная основа фамилии — имя Михаил. Суффикс -хн(о) широко распространен на Украине, в Белоруссии и западнорусских областях вплоть до Среднего Поочья: Вахно, Махно, Сахно; следующая ступень образования — присоединение украинско-белорусского компонента -енко со значением “потомок”.
Значение слова МИХНЕНКО в Словаре русских фамилий
Что такое МИХНЕНКО
Словарь русских фамилий. 2012