Река Вага — правый приток Северной Двины. Житель этих мест прозывался ваган, позже слово употреблялось как личное имя, отчество от которого приобрело форму Ваганов и стало фамилией. Однако слово, как широко распространенное, имело много значений: “вахлак”, “игра, шалости”, “тесто” и др.
Значение слова ВАГАНОВ в Словаре русских фамилий
Что такое ВАГАНОВ
Словарь русских фамилий. 2012