Эта фамилия, как и Нилов, Нильский , к реке Нил отношение имеют косвенное. Фамилии образованы от христианского имени Нил. Вот оно-то связано с великой рекой Египта и переводится с индийского как ‘черный’.
Значение слова НИЛИН в Энциклопедии русских фамилий, тайн происхождения и значений
Что такое НИЛИН
Энциклопедия русских фамилий, тайны происхождения и значения. 2012