Эта фамилия, как и Нилов, Нильский, к реке Нил отношение имеют косвенное. Фамилии образованы от христианского имени Нил. Вот оно-то связано с великой рекой Египта и переводится с индийского как ‘черный’.
Значение слова НИЛИН в Энциклопедии фамилий
Что такое НИЛИН
Энциклопедия фамилий. 2012