К статье ЯПОНИЯ: ИСТОРИЯ
После этого управление страной взял на себя его тесть Ходзё Токимаса, чья семья держала власть в руках за счет регентства вплоть до 14 в. Когда ветвь Минамото пала в 1219, должность сёгуна перешла к представителю семьи Фудзивара, назначенному родом Ходзё, вопреки попытке отрекшегося императора Го-Тоба (правил в 1183-1198) восстановить свою власть. Го-Тоба преуспел лишь в предоставлении Ходзё возможности продемонстрировать военное превосходство и конфисковать еще больше земель и в итоге подвергся изгнанию в 1221. Система дзито была расширена и стала использоваться для поощрения гокэнинов; в Камакура начался период безмятежного правления. С 1252 регенты могли привлекать на должность сёгуна даже принцев из императорского рода.
Администрация Ходзё беспокоилась главным образом о контроле над членами сословия военных, или самураями, и об улаживании конфликтов, связанных с такими проблемами, как права на владение землей, дела о наследстве или вассальный статус. Расходы на управление были невелики, поскольку большинство чиновников получало вознаграждение из доходов, поступавших с сёэн, к которым они были приписаны. Таким образом, общая система налогообложения оказалась ненужной: требуемые финансовые средства поступали к сёгуну из собственных поместий. Это позволило сделать режим стабильным и популярным.
Ряд факторов способствовал тому, что процесс, приведший самураев к власти, не завершился, и начиная с середины 13 в. возникают новые противоречия. Продолжалась борьба за землю, в ходе которой самураи стремились получить дополнительные привилегии, все более усложняя арбитражную функцию бакуфу. Повышение уровня жизни нового правящего класса сопровождалось ростом его расходов, и те из самураев, кто не преуспел в приобретении новых земель, оказывались в долгах. Наконец, возникли проблемы, вызванные с монгольским нашествием.
К 1264, когда Хубилай утвердился в Пекине в качестве императора, монголы завоевали значительную часть центральной и северной Азии. Прежде чем монголы высадили десант на Кюсю в 1274, Ходзё дважды, в 1268 и 1272, отказывались признавать сюзеренитета Хубилая. К счастью для японцев, плохая погода вынудила монголов покинуть остров. Затем последовало несколько лет военных приготовлений каждой из сторон, сопровождавшихся безрезультатными переговорами, пока монголы не предприняли мощное наступление в 1281. На этот раз захватчики находились на японской территории несколько недель, в течение которых велись ожесточенные сражения, пока шторм не разбросал по морю их корабли, что означало конец экспансии.
Расходы на эти кампании еще более подорвали лояльность самураев. Более того, в конце столетия ускорились экономические перемены, и недовольство росло вплоть до того момента, когда власть Ходзё стала неприемлемой для многих гокэнин. Император Го-Дайго, правивший в 1318-1339, усмотрел в этом возможность для восстановления прерогатив монарха. Ему удалось заручиться поддержкой в провинциях со стороны ряда крупных военных домов в 1333, и с их помощью была захвачена Камакура и свергнуты Ходзё.