К статье УГАНДА: ИСТОРИЯ
Борьба за контроль над Угандой продолжалась даже после того, как на Берлинской конференции 1884-1885 были официально утверждены правила колониального раздела Африки и признаны границы существовавших тогда колониальных владений. После заключения Гельголандского договора 1890 Германия отказалась от своих притязаний на Уганду, предоставив свободу действий в Буганде и всей Уганде Великобритании в лице Имперской британской восточно-африканской компании. Представитель компании капитан Фредерик Лугард сформировал вооруженный отряд из местных жителей и в 1892 вмешался во внутриполитическую борьбу на стороне протестантской группировки. С тех пор протестанты оказывают наибольшее влияние на политическую жизнь Уганды. Воспользовавшись этой победой, Лугард в 1893 навязал кабаке Буганды Мвангу договор о покровительстве британской компании. Однако вскоре Имперская британская восточно-африканская компания обанкротилась, и в 1894 правительство Великобритании объявило об установлении протектората над Угандой.
Новая британская администрация незамедлительно приступила к расширению территории протектората. В 1894 с помощью армии Буганды было нанесено поражение правителю Буньоро Кабареге. За военную помощь в войне с соседом Буганда получила право включить в свои владения часть территории Буньоро. Эти "утраченные округа" оставались серьезной внутриполитической проблемой вплоть до 1964, когда часть из них была "возвращена" Буньоро. В 1897 Мванга поднял восстание против колонизаторов, но потерпел неудачу и был смещен. Кабакой стал его малолетний сын Дауди Чва. Бежав из заключения, Мванга объединил силы со своим бывшим противником Кабарегой и продолжил борьбу. В 1899 оба они были захвачены в плен и отправлены в изгнание за пределы Уганды.
Установление особых отношений между Бугандой и Великобританией. Соглашение 1900 между правителями Буганды и британской администрацией поставило сложившиеся отношения между сторонами на договорную основу и определило их взаимные права и обязанности. Вождям и четырехлетнему королю было предоставлено право на частное владение более чем половиной земель Буганды (что противоречило традиционным нормам землепользования), а также право формировать органы местного управления. В свою очередь правители Буганды приняли обязательство быть лояльными по отношению к британской короне и согласились с тем, чтобы колониальная администрация взимала налоги с местного населения. В момент подписания этого соглашения трудно было представить его последствия для будущего страны. Во всяком случае оно обусловило совершенно особый статус Буганды, бугандийских протестантов и всех вождей Буганды вне зависимости от их религиозной принадлежности. В дальнейшем все эти факторы оказывали существенное влияние на внутриполитическую обстановку. На менее выгодных для местных правителей условиях были заключены соглашения с Торо (1900), Анколе (1901) и Буньоро (1933). Бугандийская знать безуспешно боролась против создания в 1921 Законодательного совета протектората, утверждая, что этот шаг нарушает особый характер британско-бугандийских отношений, закрепленных соглашением 1900. Первый африканец был назначен членом Законодательного совета в 1945.