К статье САЛЬВАДОР: ИСТОРИЯ
Последующие десятилетия 19 в. были заполнены конфликтами, в ходе которых крупные собственники - владельцы кофейных плантаций стали укреплять свою политическую и экономическую власть. В 1844 Каррера поставил президентом Сальвадора своего друга Франсиско Малеспина; после упорной и кровопролитной борьбы либералы вернулись к власти в 1845, но в период с 1852 по 1860 хозяином положения снова оказался Каррера. В 1860 либералам удалось поставить во главе страны своего кандидата - Херардо Барриоса, соратника и последователя Морасана. Однако в 1863 он был свергнут, и пост президента занял Франсиско Дуэньяс, энергичный и способный консерватор, остававшийся у власти до 1871. Позднее он был смещен либералами, которые правили Сальвадором до 1876.
Консерваторы сумели установить контроль в стране, когда президентом в 1876 стал Рафаэль Сальдивар-и-Ласо, принявший новую конституцию в 1880. Он поддерживал добрососедские отношения в Гватемалой до тех пор, пока президент Гватемалы либерал Хусто Руфино Барриос не попытался насильственным путем возродить Федерацию Центральной Америки. Помимо продолжительной борьбы с Гватемалой, Сальвадор эпизодически конфликтовал с Гондурасом и Никарагуа, хотя с этими странами дважды устанавливался союз, подобный прежней федерации.