К статье ИНДОНЕЗИЯ: ИСТОРИЯ
Компания была заинтересована прежде всего в прибыльной торговле, однако интересы безопасности города Батавия требовали, чтобы на западе Явы сохранялась более или менее спокойная обстановка. Население города нуждалось в постоянном поступлении риса с востока Явы, а успешная торговля предполагала наличие прочных деловых отношений с портами на северном берегу острова и с королевствами в его внутренних районах. Вот почему Компания оказалась вовлечена в столь нежелательные для нее локальные конфликты и, перестав быть лишь просто купеческим предприятием, превратилась в конечном итоге в орган власти.
На Яве голландцам противостоял серьезный противник. Незадолго до этого к власти в королевстве Матарам в центре Явы пришла новая династия. С 1613 по 1645 Матарамом правил султан Агунг, самый могущественный яванский монарх со времен расцвета империи Маджапахит в 14 в. В 1628-1629 армия Агунга осаждала Батавию, хотя и не сумела захватить город.
На западе Явы голландцам приходилось иметь дело с султанатом Бантам, который был расположен значительно ближе к Батавии, а потому представлял опасность. Впрочем, к началу 1670-х годов двор султана переживал раскол, и одна из соперничавших группировок, подыскивая союзников, обратилась к нидерландской Ост-Индской компании за помощью. Голландцы оказали необходимое содействие, и в ответ Компания получила исключительные торговые права на территории султаната. В 1880-х годах султанат Бантам оказался под столь сильным влиянием голландцев, что утратил самостоятельную роль в торговых и политических делах региона. Еще одним результатом доминирующего положения голландцев в султанате стало изгнание из него британских торговцев, которые перебрались на юг Суматры.
Нарастающие противоречия наблюдались также в центральнояванской империи Матарам. Султан Матарама Агунг, умерший в конце 1645, был сменен на троне его сыном Амангкуратом I (1646-1677) - весьма жестоким правителем, расстроившим отношения с нидерландской Ост-Индской компанией. В результате усилилась оппозиция ему со стороны князей, местных аристократов и особенно торговцев северного побережья, которым было гораздо интереснее торговать с европейцами, чем платить непомерные налоги султану. В 1675 на Яве вспыхнуло крупное восстание, а в 1677 в ситуацию вмешались голландцы. Они сместили узурпатора с трона Матарама, а после его смерти объявили законным наследником престола его сына, считая это путем к установлению политической стабильности в государстве и активизации прибыльной торговли. Всячески поддерживаемый Компанией, Амангкурат II (1677-1703) создал новый двор в Картасуре, неподалеку от нынешнего города Суракарта.
В обмен на оказанное ему содействие Амангкурат II предоставил голландцам контроль над торговыми операциями и доходами нескольких морских портов на северном побережье, монополию на импорт опиума и тканей, а также передал им во владение нагорье Прианган к югу от Батавии. На контролируемых территориях голландцы получали доход благодаря системе принудительных культур, в соответствии с которыми местные чиновники должны были изымать у крестьян и передавать голландцам различные ценные продукты, такие как рис, древесина и пр. К концу 17 в. Компания организовала выращивание кофейных деревьев на землях нагорья Прианган.
Однако в центральной части острова вмешательство голландцев лишь продлило состояние политического кризиса. В период существования двора в Картасуре (1680-1743) и вплоть до 1757 на острове постоянно вспыхивали вооруженные волнения и мятежи. Восставшие яванцы отказались признавать законность посаженных на трон голландцами королей, которым в 1686 и 1741 пришлось вместе со своими дворами находиться под охраной предоставленных нидерландской Ост-Индской компанией гарнизонов. Тем не менее голландцы упорно продолжали направлять войска в центральную Яву для поддержания власти слабых местных правителей, которые расплачивались с ними все новыми и новыми территориями. В 1746 голландцы получили в аренду все северное побережье Явы. В 1749 умирающий правитель подписал договор, в соответствии с которым Компания получила суверенитет над всей территорией королевства Матарам.
Однако к тому времени у оказавшейся в долгах Компании уже не было ни намерения, ни возможности самостоятельно наводить порядок в центральной части Явы, где продолжали кипеть страсти. Голландцы попытались стабилизировать положение в регионе возведением на престол формально независимых и дружественно настроенных монархов. С этой целью они в 1755 убедили короля Суракарты (чей двор обосновался в Картасуре в 1745) уступить половину своих владений султану Джокьякарты - Хаменгкубувану I (1749-1792). Таким образом, эта часть Явы оказалась поделена на два королевства: на Джокьякарту и Суракарту. Оба княжества, как именовали их голландцы, стали союзниками Компании и сохранились поныне в качестве особых административных единиц в составе Республики Индонезия. В 1757 часть территории Суракарты получил другой мятежник - князь Мангкунегара I (1757-1796), чьи потомки стали независимыми наследными князьями под покровительством голландцев.
Во второй половине 18 в. нидерландская Ост-Индская компания все более разорялась, и, наконец, была объявлена банкротом в 1799. Все ее долги и все имущество перешли к правительству Нидерландов. Наблюдая это постепенное угасание компании, яванские монархи все чаще приходили к мысли, что голландцы не так уж сильны и не представляют угрозы для их королевств. Тем не менее местные властители были рады подобным союзникам, поскольку голландцы продолжали платить за аренду северной приморской полосы острова и одаривали их дорогими вещами, такими, как золоченые кареты, персидские скакуны и тонкие ткани. Как показали последующие события, это представление о соотношении сил было глубоко наивным. Тем не менее нежелание голландцев вмешиваться во внутренние дела королевств (за исключением случаев, когда речь шла о торговых интересах) привело к тому, что многие структуры яванского общества в этот период существенно не изменились.
На Молуккских островах голландцы действовали решительно; так, в 1666-1669 их отряды завладели Макасаром (ныне г.Уджунгпанданг), который мешал Компании добиться превосходства на море у берегов расположенных далее к востоку островов. В большинстве случаев местные королевства продолжали завоевывать или терять свои территории безо всякого участия в этом процессе голландцев. Так, султанат Ачех достиг пика своего могущества в период правления султана Искандара Муды (1607-1636), чье влияние распространялось на всю Суматру и на расположенный по другую сторону Малаккского пролива полуостров Малакку. Жившие на берегах Макасарского пролива бугисы в 18 в. бороздили воды архипелага и завоевывали влияние при малайском дворе в султанате Джохор. Начиная с 16 в. балийцы вторгались на соседний остров Ломбок.