Отчество от прозвища или нецерковного имени Шукля (записано в 1455 г. в Муроме, в первой половине XV в. — в Переяславле). Основа имени неизвестна. Не исключена связь с глаголом шукать (см. Шукшин ).
Значение слова ШУКЛИН в Словаре русских фамилий
Что такое ШУКЛИН
Словарь русских фамилий. 2012