Фамилия образована от слова шубницы — так называли теплые рукавицы с одним пальцем. Это слово записал в Вожегодском районе Вологодской области диалектолог А. С. Ягодинский (Диалектологический сборник. Вологда, 1940).
Значение слова ШУБНИЦЫН в Словаре русских фамилий
Что такое ШУБНИЦЫН
Словарь русских фамилий. 2012