Притяжательное прилагательное от слова воевода, означающего крупного военачальника, позже — местного администратора, назначаемого московским правительством. Прилагательное (чей?) могло относиться к сыну воеводы, но гораздо вероятнее, что, оно выражало зависимость. Возможно и отчество от иронического прозвища. Воевода, данного любителю верховодить, — на это прямо указывает, например, фамилия Воеводкин из презрительного воеводка.
Значение слова ВОЕВОДИН в Словаре русских фамилий
Что такое ВОЕВОДИН
Словарь русских фамилий. 2012