Вероятно, отчество от прозвища Бага. Но о нарицательном бага есть лишь единственное упоминание — запись Ф. Виноградова по Горбатовскому уезду Нижегородской губернии 1850 г. (в архиве Географического общества, Ленинград): “воображаемое страшилище, которым пугают детей”.
Значение слова БАГИН в Словаре русских фамилий
Что такое БАГИН
Словарь русских фамилий. 2012