Отчество от просторечной русской формы Нефёд из канонического мужского имени Мефодий (из др.-греч. “ищущий”). Но не вполне исключена возможность образования из другого канонического мужского имени Неофит (др.-греч. neophytos — “новообращенный, недавний христианин”), но оно у русских было очень редким; в с. Грязновке Епифанского уезда Тульской губернии (1900 г.) жили Неофидовы (Тул. обл. арх., ф. 4, оп. 2, № 999—1000). Наличие фамилий Нефедьев поддерживает происхождение из имени Мефодий.
Значение слова НЕФЁДОВ в Словаре русских фамилий
Что такое НЕФЁДОВ
Словарь русских фамилий. 2012